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企业注册的电子签名是有效的。电子签名是指数据电文中以电子形式所含、所附用于识别签名人身份并表明签名人认可其中内容的数据。我国电子签名法承认电子签名的合法地位，并规定了其法律效力。因此，在注册企业时，使用可靠的电子签名是有效的，能够产生与手写签名或盖章相同的法律效力。
但需要注意的是，并非任何形式的电子签名都具有法律效力，有效的电子签名需要满足一定的条件，例如能够识别签名人的身份，保证签名人的真实意愿表达等，在选择使用电子签名时，应选择具备法律资质的电子认证服务机构提供的电子签名服务，并确保其安全可靠、合法合规，具体的相关信息，可以咨询法律顾问或相关机构获取。